Por su ubicación entre dos comarcas naturales diferentes, el Campo de Montiel y La Mancha, Munera disfruta de unos valores naturales extraordinarios.
Con una altitud media en torno a los 900 m.s.n.m., descendente hacia el norte, su punto más alto se encuentra a 995 m, concretamente en el cerro La Cabezuela.
Su relieve es suave, sólo interrumpido por pequeñas ondulaciones y cañadas. Las aguas superficiales están presentadas, además de por navajos y cañadas estacionales, por el río Córcoles, y sus modestos tributarios el Ojuelo y el Quintanar, que suman sus aguas a las del río Záncara, ya en la provincia de Ciudad Real formando parte de la cuenca del Guadiana.
El sustrato es fundamentalmente calizo con áreas puntuales de suelos arcillosos ácidos acompañados por cantos rodados silicios, que son aprovechados en parte para distintos usos, entre ellos el industrial. La combinación de la roca caliza y la acción de las aguas, ha dado lugar a algunas simas y cuevas.
El monte mediterráneo, es el ecosistema vegetal mejor representado, si bien ha sido en parte sustituido por terrenos agrícolas con cultivos como cereal, vid, olivo o almendro.
La especie arbórea predominante en el término es la Encina, seguida de la Coscoja -aquí denominada Maraña-, algunos pinares de repoblación, así como el Chopo o Álamo en las zonas de ribera. Esporádicamente también se pueden observar algunos ejemplares añejos de Pino piñonero y de Quejigo. Las especies arbustivas más abundantes y representativas de la flora local son el Romero, Tomillo, Aliaga, Torvisco, Zumaque, Esparto… También se dan varias especies de hongos muy apreciados como la seta de cardo.
Los ecosistemas descritos, propician una gran diversidad de fauna, en especial en lo que respecta a las aves, lo que le convierte en un paraíso para el turista ornitológico o birdwatcher.
Así, las masas arbóreas más o menos densas, proporcionan lugar de nidificación a aves como Aguililla calzada, Águila culebrera, Busardo ratonero, Milano negro, Azor, Gavilán, Carraca… Los modestos cortados rocosos acogen a especies como el Búho real o la Grajilla… Mientras que los espacios abiertos son el medio ideal para aves esteparias como Avutarda, Sisón, Alcaraván o Ganga Ibérica.
Por todo el territorio pueden encontrarse indicios de presencia de mamíferos como el Jabalí, y carnívoros como Gato montés, Zorro, Tejón, Garduña, Turón y Comadreja, cuya fuente principal de alimentación es el abundante Conejo.
En las cuevas o simas y en algunos árboles maduros, encuentran refugio varias especies de murciélagos.
Las zonas pedregosas, así como los navajos y cañadas húmedas, facilitan una destacable fauna herpetológica representada por reptiles como Lagarto ocelado, Eslizón ibérico, Culebra lisa meridional, Culebra bastarda, Culebra de collar, Lagartija colilarga, Lagartija cenicienta, Lagartija ibérica…, y anfibios como Gallipato, Sapillo pintojo, Sapillo moteado y Sapo corredor.